噴霧干燥機按霧化器的結構可分為離心式、壓力式和氣流式。噴霧干燥的食品可以是溶液、漿料或糊狀的物料，但要是可用泵抽送的。食品物料需要進行霧化再在進入干燥室進行熱交換。由于噴霧形成的料滴小，這就提供了相當大的換熱面積，使蒸發過程得以進行。
1、粘壁現象成為頭號難題
粘壁現象是妨礙噴霧干燥機正常操作的一個突出問題，含動物油脂的食品物料往往會沉積在干燥室壁面上。隨著時間的流逝，這些食品物料會逐漸演變成為污染源，危害食品健康。因此，不少
噴霧干燥機的生產企業聯合學者探索出一些解決粘壁問題的辦法。
2、體積過大面臨放置難題
體積過大面臨著放置區域的限制。隨著人們對食品生產條件的重視，不少食品企業都建造了凈化車間，但噴霧干燥機由于體積龐大，不能整體都放在潔凈區域，不少企業會選擇將收集物料的部分放在潔凈區，其余部位在別處放置。
面對這種情況，需要噴霧干燥設備系統增加密閉性能，以免外部環境污染。
3、物料控制可向科技化轉變
噴霧干燥機在作業時需要成品的顆粒大小分布、殘留水份含量、堆積密度和顆粒形狀合乎的標準，制作出來的顆粒才能得到理想效果。以堆積密度為例，在噴霧干燥過程中，堆密度是食品的重要特性之一，在操作過程中每種措施都要合乎堆密度。影響堆密度有粉料溫濕度、進料溫度、粒度分布、吸入干燥空氣溫度、產品排出溫度、空氣接觸方式、噴霧器型式及在噴霧干燥器中所設置的位置等有關。
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